Constituée à partir de 1836 en fonction des centres d’intérêt des responsables successifs, la collection Beaux-Arts et Arts décoratifs forme un musée encyclopédique caractéristique des établissements fondés au 19e siècle. Il comprend plus de 13 000 œuvres dont 400 peintures, 1600 dessins, 730 gravures, 600 armes, 750 céramiques et 200 objets d’ethnographie asiatique et africaine.

A cette collection se rajoute celle du musée-école de la Perrine, établissement original fondé par Adrien Bruneau en 1936. A la fois école d’initiation artistique et musée pédagogique, l’organisme dispense un enseignement du dessin et des arts appliqués à partir de collections rassemblées par le fondateur en fonction du projet éducatif.

Aujourd’hui entièrement conservé en réserves, ces deux fonds sont toujours étudiés et mis en valeur dans le cadre de prêts, de dépôts et d’expositions temporaires.