Le musée contient une importante collection de mollusques (environ 7 000 spécimens), recueillis essentiellement dans les années 1880-1890, aux quatre coins du globe. Trois collections sont bien identifiées :

• La collection Fischer-Œhlert qui contient des échantillons de brachiopodes récoltés lors des expéditions scientifiques de 1880, 1881, 1882, 1883 sur le Travailleur et le Talisman et en 1886, 1887, 1888 sur le yacht l’Hirondelle du prince Albert 1^er de Monaco.
• La collection Monterosato dont la plupart des échantillons a été récoltée en 1884 dans les mers italiennes (Palerme, Naples…)
• La collection Félix Daniel qui est constituée de spécimens collectés sur les côtes françaises (Brest, Saint-Quay, Lion sur mer…) entre 1883 et 1885.